باشگاه پرسپولیس در طول دوران فعالیت خود با احکام انضباطی مختلف و بعضاً نادری جریمه شده است که برخی از آنها در فوتبال ایران بی نظیر بوده است:

***
دیدار نیمه نهایی لیگ ایران بین پرسپولیس و تاج در سال 1349 به جنجال کشیده شد و این بازی دومین دربی ناتمام تاریخ محسوب می شد. پرسپولیس در نیمه نهایی با استقلال روبرو شد و در همان اوایل بازی با گل حسین کلانی از حریف پیش افتاد. اما پس از گل مشکوک استقلال که بازي را در دقيقه 75 مساوي کرد، برخوردها شروع شد. درگيري لواساني و بهزادي منجر به اخراج هر دو شد و اعتراض کلاني به داور به خاطر مصدوم شدن محراب شاهرخي، کارت قرمز براي وي را به همراه داشت. بازي نیمه کاره رها شد و فدارسیون فوتبال طبق انتظار این بازی را 3- صفر به ضرر قرمزپوشان اعلام کرد. اما عجیب ترین حکم انضباطی محرومیت یک ساله کلانی و شاهرخی بود، در حالی که داور بازی اعتراف کرده بود که هیچ گونه توهینی از طرف محراب شاهرخی نشنیده است. بدین ترتیب پرسپولیس 2 بازیکن ارزشمند خود را تا یک سال از دست داد، هر چند که محرومیت این دو بازیکن پس از 9 ماه بخشیده شد.
***
در سال 1351 باشگاه پرسپولیس تیم فوتبال خود را حرفه ای کرد و قرار شد با بازیکنان آماتور در مسابقات داخلی شرکت کند و ستارگان این تیم در قالب تیم حرفه ای به مصاف تیم های خارجی بروند تا از این راه درآمدزایی شود. تیم آماتور پرسپولیس قرار بود روز 4 آبان در امجدیه یک بازی دوستانه با آتش نشانی انجام دهد، اما سرخپوشان برای این بازی در زمین حاضر نشدند. همین موضوع باعث شد تا فدراسیون فوتبال در حکمی عجیب و منحصر بفرد قبل از آغاز مسابقات باشگاههای تهران، دو بازی اول پرسپولیس در این مسابقات مقابل شهربانی و گارد را 3- صفر اعلام کند و پرسپولیس با دو باخت فصل را آغاز کند. در توجیه این حکم آمده بود که این رای به دلیل احترام به نظم و انضباط صادر شده است!
***
اما شاید یکی از عجیب ترین حکم های انضباطی مربوط به بازی پرسپولیس و شاهین در فصل 62 باشگاههای تهران باشد. سرخپوشان در هفته چهارم با نتیجه 5-2 تیم قدرتمند و پرستاره شاهین را در هم کوبیدند، اما هیات فوتبال تهران حکم به تکرار این بازی داد! در اطلاعیه هیات فوتبال آمده بود که" جو حاکم بر ورزشگاه طوری بوده است که شاهین با ترس و لرز به میدان آمده و چون بازیکنان این تیم زیر فشار بوده اند و بازی غیر طبیعی پیش رفته است بنابراین باید بازی تجدید شود!" در نهایت پرسپولیس پذیرفت که بازی با حضور تماشاگر و بدون بلیت فروشی در ورزشگاه اکباتان برگزار شود، اما هیات فوتبال این شرط را قبول نکرد و بدین ترتیب پرسپولیس از حضور در بازی تکراری که قرار بود 9 آبان انجام شود، خوداری کرد و 3- صفر بازنده شد. همچنین 40 هزار و 600 تومان نیز بابت جریمه از درآمد پرسپولیس در این فصل مسابقات کسر شد.
***
در فصل 64 باشگاه های تهران، پرسپولیس در گروه خود با اقتدار پیش می رفت و مدعی اول قهرمانی بود. اما در فاصله یک هفته به پایان، اعلام شد که این تیم نمی توانسته است از رضا عابدیان مهاجم جوان خود استفاده کند چرا که وی سرباز بوده و حق بازی در این تیم را نداشته است. اعتراض پرسپولیس به اینکه عابدیان دفترچه آماده به خدمت داشته و غایب محسوب نمی شده است نیز مورد قبول هیات فوتبال تهران قرار نگرفت و هیات فوتبال در حالی که خودش از روی مدارک ارائه شده برای عابدیان کارت بازی صادر کرده بود، رای به 3- صفر شدن بازی هایی داد که عابدیان در آن حضور داشته است. پرسپولیس با این حکم ناگهان به میانه جدول سقوط کرد و از راهیابی به نیمه نهایی بازماند. گفته می شد اعمال نفوذ مسولان یکی از تیم ها در هیات فوتبال علت صدور این رای تاریخی بود.
***
یک بار دیگر دربی پایتخت در نیمه نهایی لیگ به جنجال کشیده شد. پرسپولیس فصل 73 را با اقتدار شروع کرد و در دیدار رفت مرحله نیمه نهایی نیز با دو گل از حریف سنتی پیش افتاد، اما بازی پس از به تساوی کشیده شدن در دو دقیقه پایانی جنجالی شد و دعوای مجتبی محرمی و امیر قلعه نوعی یکی از بزرگترین جنجال های تاریخ فوتبال ایران را رقم زد. بازی به دلیل ورود تماشاگران به زمین ناتمام ماند و فدراسیون بلافاصله تشکیل جلسه داد و به سرعت پرسپولیس را مقصر و 3- صفر بازنده اعلام کرد! 11 سال محرومیت برای 5 بازیکن، مدیر عامل، سرپرست و پزشکان تیم صادر شد که در تاریخ بی نظیر است. مجتبی محرمی با 3 سال محرومیت به یکی از سنگین ترین احکام انضباطی تاریخ فوتبال ایران محکوم شد و در مجموع 20 میلیون تومان جریمه هم نصیب سرخپوشان شد که در آن زمان این مبلغ حتی بیشتر از دستمزد بزرگترین ستارگان فوتبال ایران بود! این در حالی بود که فقط چهار بازیکن موثر استقلال در این درگیری مجموعاً 2 سال محروم شدند.
***
دربی 9 دی 1379 به دلیل حضور مهدی هاشمی نسب در تیم استقلال حساس تر از هر زمان دیگری بود. اما این بازی که تا دقیقه 90 با تساوی 2-2 پیش می رفت، مشکل خاصی نداشت تا اینکه درگیری پرویز برومند و پایان رافت نقطه آغاز جنجال ها شد. بازی با داوری ضعیف داوری از کره جنوبی در نهایت با اخراج برومند به پایان رسید، اما درگیری ها پس از بازی آغاز شد و بازیکنان از خجالت هم درآمدند. کمیته انضباطی مثل همیشه پرسپولیس را مقصر درگیری اعلام کرد و استیلی، تارتار و رهبری فر را به ترتیب 9، 6 و 4 ماه محروم کرد. نکته عجیب محرومیت ناصر ابراهیمی مربی تیم پرسپولیس بود که به دلیل شادی پس از گل به محرومیت 6 ماهه محکوم شد!
***
فینال جام حذفی فصل 84 پس از کش و قوس های فراوان به فصل 85 موکول شد. سرخپوشان پس از اینکه بازی رفت را در تهران با تساوی 1-1 به پایان بردند، در بازی برگشت نیز نتیجه ای بهتر از تساوی 1-1 حاصل نشد و در ضربات پنالتی نیز سپاهان پیروز و قهرمان جام حذفی شد. اما پس از پایان بازی ، پرسپولیسی ها ادعا کردند که سپاهان پس از پایان فصل و نقل و انتقالات عماد رضا را به خدمت گرفته و با او قرارداد امضا کرده است. پرونده ای در کمیته انضباطی تشکیل شد و زمان زیادی صرف تحقیقات این پرونده شد. در حالی که به نظر می رسید عماد رضا در موعد مقرر در اصفهان حاضر نشده تا دفتر نقل و انتقالات را امضا کند، اما رای کمیته انضباطی علیه پرسپولیس بود و اعلام شد که او شخصاً و پیش از پایان نقل و انتقالات در اصفهان حاضر شده و با سپاهان قرارداد امضا کرده است. داریوش مصطفوی دبیر وقت فدراسیون فوتبال نیز گفت: من با اطمينان به شما مي گويم كه در تاريخ فوتبال هيچ گاه حكمي تا اين حد قطعي نبوده و هيچ شكي در اين حكم وجود ندارد. پرسپولیس با ارائه اسناد و مدارک به رای صادره اعتراض کرد، اما در نهایت تغییری در حکم صادره بوجود نیامد.
***
محمود رفیعی داور بازی پرسپولیس و نفت تهران در فصل 89 یک پنالتی اشتباه برای حریف گرفت که پس از بازی علی دایی در مصاحبه ای علیه رفیعی صحبت کرد و گفت:" من به بازيكنان تيم گفته‌ام كه بايد فكر كنند دو بر صفر از حريف عقب هستند تا بتوانيم اينگونه جلوي اين ناحقي‌ها را بگيريم. متاسفانه اين داور شرايط جسماني مناسبي هم نداشت. فكر مي‌كنم اگر بين من با 110 كيلو وزن و اين داور تست بگيرند وضعيت من بهتر خواهد بود. نمي دانم چه اتفاقي افتاد كه داور مثل آب خوردن و به اشتباه پنالتي گرفت". بلافاصله پس از مصاحبه دایی، کمیته انضباطی سرمربی پرسپولیس را ممنوع المصاحبه کرد که جریمه جدیدی در تاریخ فوتبال ایران محسوب می شد. در نهایت پس از اینکه دایی در بازی های بعدی درباره توصیه های پیشگیری از سرماخوردگی و ... حرف می زد، کمیته انضباطی زیر فشار رسانه ها و افکار عمومی مجبور شد حکم خود را پس بگیرد.
***
بازی رفت پرسپولیس و داماش در فصل 90 لیگ برتر نیز جنجالی و پرحاشیه بود. بعد از اتفاقات این بازی، کمیته انضباطی تحت فشار رسانه ها و به خصوص تلویزیون مجبور به صدور یکی از سنگین ترین احکام انضباطی در لیگ برتر شد. بر اساس حکم کمیته انضباطی، شیث رضایی به 30 میلیون تومان جریمه و 20 ماه محرومیت محکوم شده و برای محمد نصرتی نیز 30 میلیون تومان جریمه و 10 ماه محرومیت در نظر گرفته شد. اگرچه یک ماه بعد کمیته استیناف حکم کمیته انضباطی را تعدیل کرد و شیث رضایی را 6 ماه و محمد نصرتی را 4 ماه محروم کرد، ضمن آنکه جریمه های این دو بازیکن را نیز به 10 میلیون تومان کاهش داد. صدور حکم سنگین محرومیت برای دو بازیکن پرسپولیس در حالی اتفاق افتاد که در همان فصل دو بازیکن دیگر در لیگ برتر کارهای بدتری نظیر ادرار در زمین فوتبال کردند، اما با یک حکم محرومیت چند جلسه ای قضیه خاتمه داده شد.
***
دیدار برگشت پرسپولیس و داماش در فصل 90 مثل بازی رفت جنجالی از آب درآمد. در دقیقه 89 بازی محمود رفیعی که در طول بازی قضوات ضعیفی داشت ، بازی را به دلیل شعارهای تماشاگران ناتمام گذاشت و راهی رختکن شد. کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال در حکمی که برای اولین بار در تاریخ فوتبال ایران صادر می شود، رای به کسر 2 امتیاز از پرسپولیس به دلیل توهین تماشاگران به داور بازی این تیم مقابل داماش داد که بعدها به دلیل مغایرت آن با قوانین و مقررات در کمیته استیناف این رای شکسته شد و فقط نتیجه بازی 3- صفر به نفع داماش اعلام شد.