معاونت حقوقی دیوان محاسبات کشور  ماده 8 آئین‌نامه مالی  ــ معاملاتی دانشگاه‌های علوم پزشکی مصوب 12 تیر سال 90 را مغایر اصل 53 قانون اساسی و ماده 11 قانون محاسبات عمومی و خارج از حدود اختیارات مندرج در بند ب ماده 20 قانون برنامه پنجم برای هیئت امناء دانشگاه‌ها اعلام کرده است.

دیوان محاسبات در شکایت خود توضیح داده است که «در ماده 8 مذکور به مؤسسات مشمول اجازه داده شده وجوهی را که به‌عنوان سپرده، وجه الضمان، وثیقه، ودیعه یا نظایر آن دریافت می‌کند به حساب‌های بانکی خاصی که توسط مؤسسه افتتاح می‌کند واریز کند و حتی در تبصره ذیل آن به رئیس مؤسسه یا مقام مجاز از طرف ایشان اجازه داده شده در صورت نیاز از وجوه این حساب‌ها جهت انجام امور جاری یا سرمایه‌گذاری مؤسسه استفاده کند.

در ادامه این شکایت آمده است: «حال آنکه مطابق اصل 53 قانون اساسی کلیه دریافت‌های دولت در حساب‌های خزانه‌داری کل متمرکز می‌شود و همه پرداخت‌ها در حدود اختیارات مصوب به‌موجب قانون انجام گیرد. همچنین در ماده 11 قانون محاسبات عمومی دریافت‌های دولت تعریف شده که اطلاق آن شامل موارد منعکس در ماده 8 مورد اعتراض می‌شود، بنابراین مفاد بند ب ماده 20 قانون برنامه پنجم توسعه در چارچوب اصل مذکور از قانون اساسی قابل تفسیر است و به‌اتکاء آن امکان تصویب مصوبه مغایر قانون اساسی وجود ندارد».

به‌رغم ابلاغ شکایت دیوان محاسبات به شاکی، وزارت بهداشت در فرجه قانونی به آن پاسخی نداده است.

در نهایت هیئت تخصصی دیوان عدالت اداری درباره شکایت یادشده، اتخاذ تصمیم و اعلام کرده که «با عنایت به اطلاق حکم بند ب ماده 20 قانون برنامه پنجم در زمینه اختیارات هیئت امنای دانشگاه‌ها برای تصویب مقررات اداری و مالی بدون الزام به رعایت قوانین حاکم بر دستگاه‌های اداری ازجمله قانون محاسبات عمومی به نظر می‌رسد که آئین‌نامه مذکور مغایر قانون و خارج از حدود اختیارات نیست».