دفتر محمدرضا عارف ضمن انتشار توضیحی درباره سخنان وی در دانشگاه شهید بهشتی تصریح کرد: «به اعتقاد دکتر عارف بهترین موضع در مورد معرفی سران فتنه را مقام معظم رهبری در دیدار با مردم عزیز قم در دی‌ماه 89 اتخاذ نموده‌اند که سران فتنه را آمریکا و انگلیس دانستند. بنابراین هرگونه اتهام‌زنی به هر فرد به خصوص عزیزان در حصر و سایر عزیزانی که عمری در خدمت نظام و مردم و کشور بوده‌اند بدون حکم دادگاهی صالحه که در آن تمام جوانب مختلف وقایع انتخابات 88 و کلیه عوامل و افراد دخیل در این رخداد چه پیش از برگزاری انتخابات و چه بعد از برگزاری انتخابات که با سخنرانی‌ها و رفتارهای مغایر اخلاق و عقلانیت موجبات چنین فتنه و مشکلاتی برای کشور را ایجاد کردند، کاملا بر خلاف اصول اسلامی، اخلاقی، قانونی و مواضع خردمندانه مقام معظم رهبری است.»
این اظهارات تحریف‌آلود در حالی است که رهبر معظم انقلاب بارها به خیانت و جرم بزرگ فتنه‌گران اشاره داشته و خطاب به علی مطهری نیز فرموده بودند اگر افرادی که در حصر هستند محاکمه شوند شما راضی نخواهید شد و اگر زمان حضرت امام این جرم را مرتکب می‌شدند برخورد به مراتب شدیدتری با آنها می‌شد.
رهبر معظم انقلاب ضمن اینکه به سران فتنه فرصت جبران و اصلاح مسیر دادند، اظهارات صریحی درباره آن خیانت بزرگ داشتند از جمله؛ 
- «یک عده‌ای قانون‌شکنی کردند، ایجاد اغتشاش کردند، مردم را به ایستادگی در مقابل نظام تا آنجایی که می‌توانستند، تشویق کردند- حالا تیغشان نبرید؛ آن کاری که می‌خواستند نشد، او بحث دیگری است؛ آنها تلاش خودشان را کردند- زبان دشمنان انقلاب را و دشمنان اسلام را دراز کردند، جرأت به آنها دادند؛ کاری کردند که دشمنان امام- آن کسانی که بغض امام را در دل داشتند- جرأت پیدا کنند بیایند توی دانشگاه، به عکس امام اهانت بکنند؛ کاری کردند که دشمن مأیوس و نومید، جان بگیرد، تشویق بشود... آن قانون‌شکنی‌شان، آن اغتشاش‌جویی‌شان- تشویقشان به اغتشاش و کشاندن مردم به عرصه اغتشاشگری- این هم نتایجش. این خطاها اتفاق می‌افتد، عمل خلاف انجام می‌گیرد، کار غلط انجام می‌گیرد، بعد برای اینکه این کار غلط، غلط بودنش پنهان بشود، اطراف او فلسفه درست می‌شود! فلسفه می‌بافند؛ استدلال برایش درست می‌کنند... خب، اینها ایجاد فتنه می‌کند؛ یعنی فضا را فضای غبارآلود می‌کند. شعار طرفداری از قانون می‌دهند، عمل صریحاً برخلاف قانون انجام می‌دهند. شعار طرفداری از امام می‌دهند، بعد کاری می‌کنند که در عرصه طرفداران آنها، یک چنین گناه بزرگی انجام بگیرد».
-«گناه بزرگ این بود که رأی مردم را نفی کردند».
 - «آن کسانی که در مقابل عظمت ملت ایران، در مقابل کار بزرگ ملت ایران در انتخابات ایستادند، آنها بخشی از ملت نیستند؛ افرادی هستند یا ضد انقلاب صریح، یا کسانی که بر اثر جهالت خود، بر اثر لجاجت خود، کار ضد انقلاب را می‌کنند؛ ربطی به توده مردم ندارند».
- «کسانی که فتنه سال 88 را شروع کردند- حالا یا خودشان طراحی کرده بودند، یا دیگران طراحی کرده بودند... به کار کشور ضربه سختی زدند. اگر این فتنه نبود، بلاشک کارهای گوناگون کشور بهتر پیش می‌رفت. اینها دشمنان را امیدوار کردند و روحیه دادند به کسانی که علیه نظام اسلامی جبهه‌بندی کرده‌اند و یک جبهه‌ای تشکیل داده‌اند».
- «گناه بزرگ فتنه‌گران امیدوارکردن دشمن بود».
- «گناه بزرگ فتنه‌گران قابل اغماض نیست».
- «کسانی در سال 88 در راه‌های غیر قانونی وارد شدند، کشور را دچار هزینه کردند برای مردم اسباب زحمت درست کردند، برای خودشان هم اسباب بدبختی و سرشکستگی در زمین‌ و در ملأ اعلی شدند».
- «وقتی در یک کشور فتنه‌گرانی پیدا می‌شوند که برای جاه‌طلبی خودشان، برای دست یافتن به قدرت، برای رسیدن به اهدافی که به صورت آرزو در وجود خودشان متراکم و انباشته کردند، حاضر می‌شوند به مصلحت یک کشور، به حقانیت یک راه پشت کنند و لگد بزنند؛ کاری می‌کنند که سردمداران غربی و دشمنان درجه یک ملت ایران به هیجان می‌آیند و سر شوق می‌آیند و از آنها حمایت می‌کنند».
- «فتنه‌گران به قانون و به کشور لگد زدند... کشور را در لبه پرتگاه قرار دادند».
- «آن مسئله اصلی این است که یک جماعتی در مقابل جریان قانونی کشور، به شکل غیرقانونی و به شکل غیرنجیبانه ایستادگی کردند و به کشور لطمه و ضربه وارد کردند؛ این را چرا فراموش می‌کنید؟... در این قضایا، مسئله اصلی گم نشود. در انتخابات سال 88، آن کسانی که فکر می‌کردند در انتخابات تقلب شده، چرا برای مواجهه با تقلب، اردوکشی خیابانی کردند؟ چرا این را جواب نمی‌دهند؟ صد بار ما سوال کردیم؛ نه در مجامع عمومی، نه خیر، به شکلی که قابل جواب دادن بوده؛ اما جواب ندارند. خب، چرا عذرخواهی نمی‌کنند؟ در جلسات خصوصی می‌گویند ما اعتراف می‌کنیم که تقلب اتفاق نیفتاده بود. خب، اگر تقلب اتفاق نیفتاده بود، چرا کشور را دچار این ضایعات کردید؟چرا برای کشور هزینه درست کردید؟ اگر خدای متعال به این ملت کمک نمی‌کرد، گروه‌های مردم به جان هم می‌افتادند، می‌دانید چه اتفاقی می‌افتاد؟ می‌بینید امروز در کشورهای منطقه، آنجاهایی که گروه‌های مردم مقابل هم قرار می‌گیرند، چه اتفاقی دارد می‌افتد؟ کشور را لب یک چنین پرتگاهی بردند؛ خداوند نگذاشت، ملت هم بصیرت به خرج دادند. در قضایای سال 88، این مسئله اصلی است؛ این را چرا فراموش می‌کنید؟».