آیت‌الله هاشمی رفسنجانی گفته بود: «کارهای زیربنایی و فکری را شهید باهنر و دکتر بهشتی به عهده گرفته بودند و ما بیش‌تر، مبارزات علنی و پرخاشگرانه را دنبال می‌کردیم». محمدجواد باهنر اگرچه در تحولات سیاسی ایران نقش عمده‌ای داشت، ولی مبانی اندیشه‌ای او نیز درخور اعتنا بود. او به مسائل مبتلابه زمانه عطف عنان داشت و می‌کوشید تا به نحو نیکی پرده از اندیشه‌های دینی و انقلابی بردارد.

وی در مواجهه با مقولهٔ “روشن‌فکری” که دغدغهٔ زمانه و لقلقهٔ لسان آن دوران بود، سخن گفته بود و روشن‌فکر را این‌گونه معنا کرده بود: «روشن‌فکر در اصطلاح اسلام متوجه آن کسانی نیست که با یک ارزش‌های نو از غرب آمده و یا از بعضی از مکتب‌های جدید الهام گرفته و آشنا باشند. روشن‌فکر در اسلام بدان معنا نیست که صرفاً با یک گرایش‌های نوگرایانه خود را سرگرم ساخته و دل‌خوش کرده باشد. روشن‌فکر در اصطلاح اسلام آن کسی نیست که با همهٔ ارزش‌ها و اصالت‌ها صرفاً بدان دلیل که این اصالت و ارزش تازگی ندارد و قدیمی است، درافتد… روشن‌فکر در اصطلاح اسلام آن انسانی است که اندیشه‌اش آزاد از هواها و هوس‌ها، آزاد از کوران‌های تند، آزاد از خودباختگی‌ها در برابر ابرقدرت‌ها و ره‌آوردهای آنان، آزاد از هوس‌بازی‌ها و سودپرستی‌های درونی و آزاد از گرایش‌های قطبی در محیط بتواند بیندیشد، حقیقت را کشف کند و واقعیت را بفهمد. روشنفکر آن کسی است که روی طاغوت هوس پا بگذارد و بتواند با هوا و هوس خویش مبارزه کند، آزاداندیشی، و نه هرج‌ومرج‌اندیشی داشته باشد و نه کسی که تحت تأثیر هر هیاهو و جنجالی قرار بگیرد.» (مباحثی پیرامون فرهنگ انقلاب اسلامی، ص ۲۰۲-۲۰۳)

باهنر اگرچه تعریف آکادمیکی از مقولهٔ روشن‌فکری ارائه نمی‌داد، ولی دغدغه‌های اسلامی و انقلابی خود را در این موضوع بازتاب داده بود. وی در تفسیر مقولهٔ آزادی هم، چنین روّیه‌ای را در پیش می‌کشد. او بر این باور بود که بشر فطرتاً می‌خواهد آزادانه به آنچه میل دارد عمل کند. وی در تمایزی که میان آزادی در جوامع غربی و آزادی در اسلام قائل می‌شود، این‌گونه بیان می‌کند: «جوامع متمدن حرفی جز حفظ نظام اجتماعی ندارند و قلمرو مقررات آن‌ها هم از حدود اجتماع و مصالح اجتماعی تجاوز نمی‌کند، ولی محیط فکر و اخلاق و عقیده و روح را آزاد گذاشته‌اند و تلاش‌های آن‌ها در این موارد، اگر هم باشد از حدود تشریفات نمی‌گذرد، اما اسلام برای کنترل افراد، محیط وسیع‌تری را در نظر گرفته است. او می‌خواهد اجتماع منظم باشد، فکر منظم باشد، اخلاق پاک، عمل صحیح، روح هم متکامل و آزاد باشد… لذا در همهٔ شئون دستور دارد…» (اندیشه‌های شهید باهنر، مجموعه مقالات و سخنرانی‌ها، ص ۲۱۲)

باهنر با اعتقادی که به مفهوم آزادی داشت، به آزادی‌های پس از انقلاب نیز تصریح می‌کرد. وی گفته بود: «مردم سالیان دراز زیر بار خفقان و زیر بار شکنجه بودند. بعد از پیروزی باید اجازهٔ نفس کشیدن به مردم داده شود. مردم بتوانند اجتماع کنند، سخن بگویند، تشکیل حزب بدهند. انقلاب، آزادی را به ملت انقلابی هدیه کرد». (فروغ اندیشه، ج ۱، ص ۱۸۱)

محمدجواد باهنر از تندروی‌های اوایل انقلاب هم انتقاد کرده بود. او گفته بود: «ما با آن حالت بدبینی و درگیری و حذف، آنچه را که متعلق به رژیم گذشته بود، با آنچه متعلق به خداست و به جامعه است و به امت است نتوانستیم تفکیک کنیم و جدا کنیم… ما با شاه خائن مخالف بودیم، بعد تصور کردیم که هر چه کاخ از شاه معدوم و اطرافیانش مانده، آن را بایستی از بین برد و هر چه که آثار و تجهیزات و لوازم گران‌قیمت هست می‌باید همهٔ آن‌ها را آتش زد، نابود کرد و خراب کرد… چه بسیار پارک‌های خوب و باصفای جالبی که فقط به خاطر اینکه پارک دور کاخ یک فرد طاغوتی کشیده شده بود، دست‌خوش ویرانی شد. چه بسیار مجتمع‌های بزرگ کِشت و صنعتی که وابسته به یکی از این طاغوتیان بود و بعد فقط چون اسم “هژبر یزدانی” روی آن بود بایستی خود آن مؤسسه و دستگاه کشت و صنعت نابود شود و از بین برود، حتی چه بسیار کارخانه‌هایی که این کارخانه متعلق به سرمایه‌داران بزرگ خون‌آشامی بود که وابسته به رژیم گذشته بودند و بعد دولتی شد، ملی شد، اما گویی با خود کارخانه دشمنیم، بایستی از بین برود، بایستی سطح تولیدش پایین بیاید، چه بسیار فرش‌های گران‌بها و وسایل و لوازمی که به همین‌گونه مورد بی‌مهری قرار گرفت». (محمدجواد باهنر، الگوی هنر مقاومت، ص ۳۰۹)

محمدجواد باهنر با دغدغهٔ فرهنگی که داشت، اِعمال بی‌فرهنگی‌هایی را هشدار داده بود. وی که در جمع فرهیختگان کشور سخن می‌گفت، دردمندانه گفته بود: «تذکر دیگری که خواستم به شما خواهران و برادران عرض کنم این است که شما با یک گروهی از فرهنگیان سابق مواجهید که این فرهنگیان سابق کسانی هستند که ۱۲-۱۵ سال، ۲۰ سال، سابقه دارند و در رشته‌های مختلف معلم هستند. ما گزارش‌هایی داریم که بعضی از خواهران و برادران نسبت به این معلمین گذشته برخورد ناجوری دارند. یعنی این‌ها را به صورت اینکه طاغوتی هستند، وابسته به رژیم گذشته بودند و این‌ها چنین و چنان و فلان هستند، با نوعی بی‌اعتنایی با آن‌ها برخورد می‌کنند و گاهی هم با یک نوع خشونت با آن‌ها صحبت می‌کنند… فلان پسر، خودش دو سال پیش در این مدرسه چنان و چنین بوده، حالا آمده وقتی‌که در دفترم می‌نشیند پایش را روی پایش می‌گرداند و اعتنایی اصلاً به ما نمی‌کند. انگار که آن همه چیز دارد و نماینده انقلاب در مدرسه است و ما هم یک مشت طاغوتی چنین و چنان هستیم و باید در گوشه‌ای در برابر این خانم و آقایی که تازه تشریف آورده‌اند کِز کنیم.» (اندیشه‌های شهید باهنر، ص ۱۴۷)

وی با رویکرد دینی و اسلامی که داشت، میان شعار اسلامی و شعور دینی تمایز می‌نهاد. وی گفته بود: «… برادرانمان همه جا قرآنی می‌خوانند و ترجمه‌ای می‌کنند و سخن از اسلام می‌گویند و این مسائل آدم احساس می‌کند که ضرورت دارد که ما مطالعات اسلامی‌مان زیاد شود گرایش اسلامی و شعار اسلامی زیاد شود اما شعور اسلامی و آشنایی عمیق با اسلام ضعیف است بایستی یک بسیج وسیع برای آشناتر شدن با اسلام تدارک دید». (شهید باهنر، الگوی هنر مقاومت، ص ۳۱۳)

شهید باهنر اما به صرف سخنرانی بسنده نمی‌کرد. او می‌کوشید تا این رویکردها را به مرحلهٔ عمل در آورد. وی برای این منظور به تشکیلات‌سازی اقدام می‌کرد. او از جمله کسانی بود که به کار تشکیلاتی اعتقاد داشت. آیت‌الله هاشمی رفسنجانی در این زمینه می‌گوید: «شهید باهنر از همان ۲۵ سال پیش معتقد به ضرورت تشکیلات بودند. به همین دلیل هم در تجدید سازمان‌دهی سازمان هیئت‌های مؤتلفه وارد شدند و در همان ارتباط هم گرفتار شدند و بعد هم هر وقت با ایشان صحبت می‌کردیم، همگی به ضرورت تشکیلات معتقد بودیم. در سال ۱۳۵۷ وقتی از زندان بیرون آمدند، ایشان و دوستان دیگر طرح تشکیلات را ریخته بودند و مرام‌نامه و اساس‌نامهٔ آن را هم نوشته بودند و افراد مؤسس را هم در نظر گرفته بودند..» (جمهوری اسلامی، ۷ شهریور ۱۳۶۲، ویژه‌نامه ص ۲)

ناصر باهنر (فرزند شهید باهنر) نیز به این روحیهٔ پدرش اشاره کرده است. او می‌گوید: با توجه به تعمق در اسلام و ابعاد آن و تجربه‌هایی در زمینهٔ مسائل تشکیلاتی، معتقد بود یکی از ضرورت‌های جامعهٔ اسلامی در مبارزه با بیگانگان ضد اسلام، وجود یک تشکیلات اسلامی و با نفوذ در بین مردم است. باید حزب اسلامی همراه با تهذیب وجود داشته باشد و نیروهای مؤمن و مکتبی را در این تشکیلات برای مبارزه با دشمنان اسلام بسیج نماید، تا راه نفوذی برای بیگانگان نماند. (همان، ص ۱۳)

گفته می‌شود وقتی شهید رجایی می‌خواسته است باهنر را به سمت وزارت آموزش و پرورش منصوب کند پاسخ شهید باهنر این بود که: باید حزب به من اجازه بدهد که این مسئولیت را قبول کنم…(شهید باهنر در قلمرو اندیشه و رفتار، ص ۹۷) او در نظر و عمل، ملتزم به مبانی حزبی بود و تخطی از آن را روا نمی‌دانست.

شهید باهنر انسان اندیشمندی بود. او با کتاب‌هایی که به رشتهٔ تحریر درآورد و سخنانی که بر زبان جاری کرد، اندیشهٔ دینی انقلاب را نیز پرورش داده بود. اندیشه و رفتار او نمایانگر انسانی پاک‌نهاد و صادق بود. انسانی که حضورش تحمل نشد و یکی از شهیدان انقلاب لقب گرفت.