نتیجه تحقیقات نشان داده است که تغذیه نوزاد از شیر مادر می‌تواند سیستم دفاعی روده وی را تقویت کند و از حساسیت‌های روده نوزاد در دوران نوزادی و بزرگسالی بکاهد. 

دانشمندان پس از سال‌ها تحقیقات به این نتیجه رسیدند که نوزادان در یک ماهه اول زندگی خود، 25 درصد از باکتری خود را از شیر مادر و تقریبا 10 درصد آن را از پوست اطراف سینه دریافت می‌کنند.

بر اساس گفته‌های دکتر گریس از دانشگاه کالیفرنیا، شیر مادر منجر به انتقال باکتری‌های سالم به روده نوزاد می‌شود که این موضوع در طولانی مدت منجر به ایجاد اثرات مثبت در بدن وی شده و در آینده نوزاد را از بیماری‌های روده مانند سرطان و التهابات دور نگه می‌دارد.

در تحقیقات معلوم شده که شیر مادر خاصیت محافظتی برای سیستم گوارشی دارد و علاوه بر تقویت مخاط روده، سبب افزایش و بهبود عملکرد سیستم ایمنی بدن می‌شود و احتمال ابتلای آنها به بیماری‌های مزمن مانند دیابت و چاقی را بسیار کاهش می‌دهد. 

نوزادانی که با شیر مادر تغذیه می‌شوند کمتر از نوزادانی که با استفاده از شیر خشک رشد می‌کنند، دچار ویروس‌ها می‌شوند و حتی اگر ویروسی بگیرند، آنتی‌‌بادی‌هایی از طریق شیر مادر وارد بدن آنها می‌شود و به نوزاد کمک می‌کند تا در برابر آنها دفاع کند.

آنتی‌بادی نوعی پروتئین است که در دستگاه ایمنی بدن، در پاسخ به حضور آنتی‌ژن خاصی، تولید می‌شود و در خون به گردش درمی‌آید یا در محل تولید باقی می‌ماند تا به آنتی‌ژن (معمولاً اجسام بیگانه همچون باکتری و ویروس ولی گاه حتی بافت طبیعی بدن یا یک ماده غذایی) حمله‌ور شود و آن‌ را بی‌زیان سازد.