علی مطهری درباره ضرورت حضور ایران در جبهه مقاومت گفت: اینکه حضور نظامی در کشورهای دیگر حافظ امنیت کشور ما باشد یا نه هیچ موضوعیتی ندارد، ما به طور کلی موظف به دفاع از سرزمین های اسلامی هستیم. حتی اگر الجزائر هم مورد هجوم قرار بگیرد ما باید از آنها دفاع کنیم. و برعکس هم همین طور. این یک وظیفه اسلامی است که هر مسلمان دارد. این مرزهای قراردادی اصالتی ندارند . اساسا کل کشور های اسلامی یک کشور هستند و هرجا مورد هجوم کفار یا کسانی که آلت دست کفار هستند قرار بگیرند ما وظیفه داریم که دفاع کنیم. حالا می خواهد حرمی آنجا باشد یا نباشد، منتهی اگر حرمی آنجا باشد وظیفه ما مضاعف می شود که دفاع از حرم هم صورت می گیرد.

وی ادامه داد: کار کسانی که در جنگ سوریه شرکت می کند کار بسیار بزرگی است. و آنها اجر مضاعفی دارند و  این حاکی از درک درست آنها از مسائل جهان اسلام و فداکاریشان در راه اسلام است. 

علی مطهری با انتقاد از کسانی که مخالف حضور مدافعان حرم هستند تاکید کرد: کسانی که مخالف مدافعان حرم هستند درک درستی  از اسلام و مسائل اسلام ندارند  و حضور در سوریه سیاست درستی بوده که ایران به مبارزه با گروه های تکفیری و تروریستی در سایر کشورهای اسلامی پرداخته است.

 نائب رئیس دوم مجلس شورای اسلامی با بیان اینکه اگر زمینه فراهم شود من هم دوست دارم در کنار مدافعان حرم باشم ادامه داد : البته خیلی دوست دارم در جنگ با اسرائیل شرکت کنم و اگر بناست شهید بشوم خیلی بهتر است در جنگ با اسرائیل شهید بشوم. الان هم اسرائیل از این شرایط استفاده می کند از این فضایی که وجود دارد و این نیروها همه باید برای مقابله با اسرائیل متمرکز شود منتهی فعلا لازم است که با تکفیری ها مقابله کنیم و بعدا سراغ اسرائیل برویم. 

مطهری همچنان در ادامه سخنانش درباره صحبت های اخیرش درمورد حضور امام رضا(ع) و اعتراضات بعد از آن گفت: من قبلا هم توضیح دادم که این صحبت ها در یک جلسه سخنرانی دانشجویی در دانشگاه سمنان بود. و بعد از آن جلسه پرسش و پاسخ دانشجویی صورت گرفت، یک کسی از موضوع ممنوعیت کنسرت در مشهد مقدس سوال کرد که من گفتم این نمی شود که قانون دوگانه اجرا بشود قانون در سراسر کشور باید یکسان شود. البته کسی نمی گوید که داخل صحن امام رضا(ع) باید کنسرت بگذارند و بعد هم مثال زدم که یک شعر عرفانی حافظ را اگر کسی مثل آقای سراج بخواند و در گوشه ای از مشهد اجرا بشود چه اشکالی دارد .  بعد از باب مزاح برای اینکه جلسه دوساعت طول کشیده بود گفتم شاید اگر امام رضا(ع) هم بودند در این کنسرت شرکت می کردند. منتهی حضاری که در جلسه بودند این موضوع را توهین تلقی نکردند. ولی بعد خبری منتشر شد با این تیتر که اگر امام رضا(ع) بودند در کنسرت شرکت می‌کردند. این یک برداشت دیگری است. شاید بهتر بود که من این حرف را نمی‌گفتم ولی این کار شیطنت بود که این خبر را اینگونه تنظیم کنیم و این کار درستی نبود. حتی امام خمینی(ره) هم در سرود شهید مطهری که در مقابل ایشان اجرا شد شرکت کردند و به این کار اعتراضی نکردند.