در بخش‌هایی از این مصاحبه علی‌رغم ابراز ارادت آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای به حضرت امام(ره)، نسبت به ساحت مقدس امام‌راحل(ره) و برخی از یاران ایشان جفای فاحشی شده است که با وجود شخصیت‌ علمی و قابل احترام آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای، این بخش از مصاحبه ایشان بایسته نقد و گلایه جدی است و به آن اشاره خواهیم داشت.
کیهان اگرچه نقد بخش‌های مورد اشاره از مصاحبه آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای را ضروری می‌دانست ولی با توجه به شور و نشاطی که راهپیمایی تاریخی اربعین در ایران و جهان اسلام پدید آورده بود ادای این تکلیف را به اولین فرصت بعد از آن رخداد عظیم و مناسبت‌های فراگیر پس از آن موکول کرد و...
یادداشت پیش‌روی بیان چند نکته درباره موضوع یاد شده است.
1- مراتب علمی آیت‌الله سید محمد خامنه‌ای را قابل احترام می‌دانیم و بر این باوریم بخش‌هایی از مصاحبه ایشان که جفا و تعریض به ساحت مقدس حضرت امام(ره) است، ناشی از کم توجهی و غفلت و مصداق «تعریض ناخواسته» است چرا که ایشان در جای‌جای همین مصاحبه بر ارادت خود به حضرت امام(ره) و نقش بی‌بدیل آن حضرت در مقابله با ترفندها و توطئه‌های داخلی و خارجی تأکید می‌ورزد و بدیهی است که این تأکید و اصرار نمی‌تواند با آنچه به جفا درباره امام راحل گفته شده قابل جمع باشد. ولی هنگامی که سخنی از خمینی کبیر و احیاگر اسلام ناب محمدی(ص) در میان است، حتی تعریض ناخواسته نیز از هیچکس- مخصوصاً از یک عالم دینی- پذیرفته نیست و بایسته نقد از سوی دیگران و مستلزم استغفار و اصلاح از جانب تعریض کننده است.
2- آیت‌الله سید محمد خامنه‌ای در چند جای مصاحبه خویش برخی از تصمیم‌ها و نظرات حضرت امام(ره) را تحت تأثیر گزارش‌های غلط و القائات اطرافیان ایشان معرفی می‌کند! که نه فقط اتهام ناروا و اهانت به ساحت مقدس امام راحل(ره) است، بلکه از رهگذر این اظهارنظر که بیرون از دایره حق و انصاف است، خط مبارک حضرت امام(ره) و رهنمودها و بینش و منش مکتوب و مضبوط آن حضرت را زیر سؤال می‌برد و با القای این توهم که برخی از رهنمودها و تصمیم‌های آن بزرگوار تحت تأثیر اطلاعات غلط اطرافیان ایشان بوده است - بی‌آن که متوجه باشد- دستورات و راهنمایی‌ها و رهنمودهای حیات‌آفرین و گره‌گشای حضرتش و یا لااقل برخی از آنها را نستجیربالله مخدوش! قلمداد می‌کند! و در این‌باره گفتنی است که؛
الف: یکی از ویژگی‌های منحصر به فرد در رهنمودهای حضرت امام و رهبر معظم‌انقلاب این بوده و هست که دلایل و مستندات نظر خود را نیز به وضوح بیان کرده و می‌کنند و نکته در خور توجه آن که در نمونه‌های مورد اشاره آیت‌الله سید محمد خامنه‌ای، نظر حضرت امام، همراه با دلیل و علت آن به صراحت اعلام شده است.
ب: امام راحل(ره) بارها و به مناسبت‌های فراوان، این توهم را به شدت نفی فرموده‌اند که ایشان تحت تأثیر اطلاعات غلط دیگران- و از جمله اطرافیان خویش- هستند! و موارد بسیار و پر شماری را می‌توان آدرس داد که نظر مبارک حضرت امام با نظر همه مسئولان و اطرافیان ایشان نه فقط متفاوت بلکه متضاد بوده است.
3- آنچه باعث تأسف است و از آیت‌الله سید محمد خامنه‌ای دور از انتظار بود، این که نمونه‌های مورد ادعای مشارالیه درباره القاء نظر دیگران به حضرت امام(ره) منحصراً و فقط مربوط به چند موردی است که امام راحل با دیدگاه و یا اقدامات آیت‌الله سید محمد خامنه‌ای مخالفت ورزیده و به ایشان عتاب و گلایه کرده‌اند. از جمله، آنجا که حضرت امام سؤال 8 نماینده مجلس از وزیر خارجه درباره ماجرای «مک فارلین» را که آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای نیز یکی از آنان بود، با خطاب سنگین «أین تذهبون؟!» ملامت کرده و گفتند «لحن شما در آن چیزی که - سوال از وزیر خارجه وقت- به مجلس دادید از لحن اسرائیل تندتر است» و البته در ادامه این نهیب به مدارا و ملاطفت فرمودند «من نمی‌خواهم دل شما را بشکنم، لکن شما دل ملت را نشکنید، شما دل مسئولین ما را نشکنید».
4- ایشان درباره نامه 8 نماینده به وزیر خارجه اینگونه توضیح می‌دهند که بعد از امضای آن نامه رئیس مجلس و باند او دستپاچه شدند «و با مشورت کسانی در جماران و دولت، توطئه‌ای کردند و سؤالاتی را که امام را عصبانی و ناراحت می‌کردند تهیه و به زور و اصرار برای امضاء به دست افرادی داده بودند که به هشت نفر معروف شدند و پیش من هم آوردند من قبول نکردم که آن را امضاء کنم ولی خیلی اصرار کردند و... و من در آن شدت ناراحتی که از آن موضوع داشتم قهرا امضاء کردم و به دام افتادم... و امام هم در یک سخنرانی به امضاءکننده‌ها حمله شدید کردند و کار آنها را بدتر از کار اسرائیل دانستند».
ایشان در این بخش از مصاحبه با صداقت اعلام می‌کند که در امضای نامه 8 نماینده، فریب خورده و به دام افتاده است و عصبانیت حضرت امام را هم بجا می‌دانند ولی نهیب امام‌راحل را ناشی از توطئه رئیس مجلس وقت و «کسانی در جماران و دولت» معرفی می‌کند!
ظاهرا منظور ایشان از «کسانی در جماران» اشاره به مرحوم حاج‌سیداحمد خمینی است که باید گفت؛ امام راحلمان(ره) در موارد قابل ارائه‌ای با نظر مرحوم حاج‌سیداحمد خمینی مخالفت کرده‌اند که این دلیل روشنی بر تاثیرناپذیری آن حضرت است و از سوی دیگر، حضرت روح‌الله درباره فرزند مرحوم خویش تأکید می‌فرمایند «من خدای قاهر حاضر منتقم را شاهد می‌گیرم که احمد از آن روزی که در کمک اینجانب در بیرون مشغول اداره امور من بوده تا الان که این ورقه- وصیت‌نامه- را می‌نویسم قدمی یا قلمی خلاف گفتار و نوشتار من برنداشته و با وسواس عجیب در کلیه گفتارهای من یا نوشته‌های من سعی نموده که حتی یک کلمه، بلکه گاهی یک حرف را که با نظر او محتاج به اصلاح است بدون اذن من تصرف نکند» صحیفه امام(ره) جلد 20 ص 442.
 آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای که در بخشی از این مصاحبه امضای نامه 8 نماینده را «به دام افتادن خود» می‌داند، در بخش دیگری نامه 8 نماینده را «ابراز غیرت دینی و اسلامی» دانسته و آنان را در نهیب حضرت‌امام(ره) «مظلوم» معرفی می‌کند!
5- ایشان در مصاحبه با مجله «رمز عبور» از شهید بزرگوار حضرت آیت‌الله بهشتی با عنوان «تمامیت‌خواه»! و دارای «ظاهر لیبرالیستی» یاد می‌کند که جفای بزرگی در حق آن شهید والامقام است. شهید بهشتی به گواهی همه شواهد و اسناد موجود، با تمامی توان خود در مقابل «زیاده‌خواهی»ها و فرصت‌طلبی‌های دشمنان اسلام و انقلاب و مخصوصا لیبرال‌ها و منافقین ایستاد و انبوهی از تهمت‌های ناروا و فشارها نتوانست آن بزرگوار را از صراط مستقیم منحرف کند، تا آنجا که به دست منافقین هم‌پیمان لیبرال‌ها به شهادت رسید و امام راحلمان ایشان را به تنهایی «یک ملت» دانستند و مظلومیت او را دردناکتر از شهادتش نامیدند.
6- آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای، عزل منتظری از قائم‌مقام رهبری - که انبوهی از شواهد و اسناد غیرقابل انکار، به صراحت از ضرورت آن برای حفظ انقلاب و نظام از تسلط بیگانگان حکایت می‌کند - را هم توطئه یک جریان مرموز معرفی می‌کند و اعدام مهدی هاشمی- که قتل انسان‌های بی‌گناه و پادویی‌ برای بیگانگان فقط بخشی از جرایم و جنایات وی بوده است- را نیز به همان جریان نسبت می‌دهد! که در این‌باره کافی است ایشان تنها نیم‌نگاهی به اسناد و سوابق ماجرا داشته باشند.
7- و اما، آیت‌الله هاشمی ‌رفسنجانی در پاسخ شدیداللحن خود به آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای، ضمن اعتراض به برخی از اظهارات قابل نقد مصاحبه ایشان، به نکاتی پرداخته است که در این مختصر اشاره‌ای گذرا به چند نمونه از آن خواهیم داشت؛
الف: بخشی از انتقادات آیت‌الله هاشمی به مصاحبه یاد شده - صرفنظر از اهانت‌های فراوان به مصاحبه‌کننده - منطقی و قابل قبول است و باید پذیرفت که در مصاحبه مزبور نسبت‌های ناروایی نیز به ایشان داده شده است.
ب: شماری از انتقادات نیز غیرواقعی و اتهام ناروا به آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای است. از جمله، می‌نویسد ایشان معتقد است «انقلاب از اساس طرح آمریکایی‌ها بوده است»! که این اظهارات در هیچ جای مصاحبه یاد شده نیامده است.
ج: حضرت امام(ره) ماجرای مک‌ فارلین را تمام شده اعلام کرده و آن را شکست سنگینی برای آمریکا معرفی کردند تا آنجا که نتیجه آن را روسیاهی دشمنان دانسته و تاکید فرمودند «رئیس‌جمهور آمریکا در این رسوایی باید عزا بگیرد» بنابراین دامن زدن به این ماجرا چه از سوی مجله «رمز عبور» و چه از سوی آیت‌الله سیدمحمد خامنه‌ای، اقدامی نسنجیده و ناصواب بوده و هست. اما، برخی از اظهارات آقای هاشمی و دفتر ایشان در این‌باره نیز با واقعیات همخوانی ندارد. از جمله اینکه، مطابق اخبار موثق، حضرت امام(ره) را در جریان سفر مک فارلین قرار نداده بودند و میرحسین موسوی برخلاف آنچه ادعا می‌شود از ماجرا باخبر بوده است. اردیبهشت‌ماه امسال آقای محسن کنگرلو، مشاور امنیتی وقت مهندس موسوی در مصاحبه با روزنامه شرق تاکید می‌کند که همه اطلاعات مربوطه را در اختیار مهندس موسوی می‌گذاشته است و گفتنی است که «مایکل لدین» از دست‌اندرکاران آمریکایی فتنه 88 در بحبوحه آن فتنه آمریکایی اسرائیلی در مصاحبه با رادیو فردا می‌گوید « اگر از شما بپرسند این جنبش - فتنه سبز- به‌چه زمانی برمی‌گردد؟ احتمالا خواهید گفت به یک سال پیش. اما من می‌گویم ما از اواسط دهه 1980 
- دهه 60 - با کسانی از دفتر نخست‌وزیری ایران در ارتباط و تماس بودیم و موضوع مذاکره و رابطه را پیگیری می‌کردیم» و...
8- آیت‌الله هاشمی در بیانیه خود  از سکوت رسانه‌های مدعی ارزشمداری در مقابل توهین به امام راحل(ره) که در مصاحبه یاد شده آمده است گلایه کرده‌اند، که کیهان به‌دلیل پیش گفته، نسبت به مصاحبه مزبور بی‌تفاوت نبوده است.
و اما؛ با عرض پوزش از جناب هاشمی باید گفت  گلایه شما در حالی است که متاسفانه حضرتعالی از فتنه 88  سربلند بیرون نیامدید و در آن بحبوحه ننگین که  فتنه‌گران تصویر مبارک حضرت‌امام(ره) را پاره و لگدمال کردند، روی کلمه اسلام در جمهوری اسلامی ایران خط بطلان کشیدند! شعار «انتخابات بهانه است اصل نظام نشانه است» سر دادند، به ساحت عاشورای حسینی(ع) اهانت کردند و نامزد مورد حمایت شما از آنها با عنوان «مردمان‌خداجوی»! یاد کرد. دروغ بزرگ تقلب را ساز کردند! و... حضرتعالی نه فقط در مقابل آنهمه اهانت آشکار به اسلام و امام و انقلاب سکوت کردید بلکه به حمایت بی‌پرده خود از آنان نیز ادامه دادید. بنابراین چگونه انتظار دارید که دلشوره حضرتعالی برای حفظ حرمت حضرت‌امام جدی گرفته شود و این تلقی به میان کشیده نشود که جنابعالی- خدای‌نخواسته - فقط از این که شخص شما مورد حمله قرار گرفته است، برآشفته‌اید؟!....