در حالي که طبق قانون اهداف و وظايف وزارت علوم مصوب مردادماه 1383، مقرر شده بود شرح وظايف و اختيارات شوراي عالي علوم با  پيشنهاد وزير مربوطه به تصويب هيأت وزيران برسد، بر اساس بررسي هاي يک مقام مسئول، طي سال هاي اخير با ابلاغ محمود احمدي نژاد، مصوبه شوراي عالي مذکور درباره اختيارات خود مبناي عمل بوده است و پيگيري از مراجع ذي ربط نيز هيچ مصوبه اي از دولت در اين خصوص نشان نمي دهد و بر اين اساس، مصوبات و اقدامات اين شورا در هاله اي از ابهام قرار داشته و از اقدامات وزراي علوم سابق نيز براي حل اين مشکل، مستنداتي در دست نيست.