مدیر حوزه‌های علمیه در دیدار با پاپ گفت: «پس از اینکه رهبر انقلاب از سفر بنده مطلع شدند، به شما سلام رساندند و پیشینه شما و ارتباطتان با آمریکای لاتین را ستوده و برخی از مواضعی که در تلطیف روابط بین اسلام و مسیحیت و دفاع از مظلومان اتخاذ نموده‌اید را تحسین و تأکید نمودند ما انتظار داریم که شما همچنان در دفاع از مظلومان عالم و بویژه فلسطین و یمن تلاش کنید و مواضع روشن و شفافی داشته باشید. رهبر انقلاب انتظار دارند که در دفاع از مردم فلسطین اقدام شود و حل آن بر اساس آرای مردم و انتخابات میان همه مردم اصیل و فلسطینیان اعم از پیروان همه ادیان نظام حاکم بر فلسطین شکل بگیرد.»

پاپ فرانسیس نیز، در پاسخ به این پیام رهبر انقلاب خطاب به آیت‌الله اعرافی گفت: «سلام مرا به رهبر انقلاب اسلامی ایران و مراجع و بزرگان دینی ایران برسانید؛ ما هم مطالبی که رهبر انقلاب اسلامی می‌گویند را قبول داریم.»