در شهريور 1388 و در پى افشاگرى سردار عزيز جعفرى (فرمانده كل سپاه پاسداران) در خصوص نقش خاتمى عضو ارشد مجمع روحانيون مبارز و با اشاره به سخنان منتشر نشده خاتمى در سال 1387 كه گفته بود: «اگر در اين انتخابات احمدى‌نژاد سقوط كند، عملا رهبرى حذف مى‌شود، اگر به هر قيمتى و به هر شكلى اصلاحات دوباره به قوّه اجرايى بازگردد، ديگر رهبرى اقتدارى در جامعه نخواهد داشت. سقوط اصولگرايى به معناى پايان اقتدار رهبرى تلقى مى‌شود و با شكست اصولگرايان بايد قدرت رهبرى را مهار كرد».
مجمع روحانيون مبارز در واكنش به اين اظهارات با انتشار بيانيه‌اى خواستار برخورد قوّه قضاييه با تخلفات از هركس و در هر مقام شد. اين تشكل دوم خردادى در بيانيه خود آورد: «اين روزها شاهد اظهارات بى‌اساس و تهمتهاى فراوان از سوى دستگاههاى تبليغى و محافل خاص نسبت به شخصيتها و گروهها براى توجيه سياست نادرست و اقدامات خلاف شرع و قانون هستيم».803
سيد محمد خاتمى (عضو ارشد مجمع روحانيون مبارز) نيز در واكنش به افشاگرى سردار جعفرى، بدون تكذيب عباراتى كه توسط فرمانده كل سپاه به او نسبت داده بود و بر ليبرال بودن خود تصريح كرد و طرف مقابلش را به فاشيسم متهم نمود: «عده‌اى براى مقابله با ليبراليسم به فاشيسم پناه مى‌برند».
در شرايطى كه مجمع روحانيون مبارز از مدعى‌العموم خواست تا عكس‌العمل مناسبى به اين اتهام نشان دهد، امّا نه مجمع و نه شخص خاتمى هيچ‌گاه رسمآ از سردار جعفرى شكايت نكردند! چرا كه آنها مى‌دانستند اسناد فرمانده كل سپاه، اسناد متقن و محكمى خواهد بود.

اصولگرایان انتخابات جامعه سپاه پاسداران قانون لیبرالیسم مجمع روحانیون مبارز شکایت کیهان zwnj