زیباکلام در سالهای ابتدای انقلاب از حامیان سرسخت انقلاب فرهنگی در دانشگاهها بود به نحوی که با نوشتن مقاله ای بلند در کیهان با عنوان «دانشگاه ؛مبارزه سیاسی یا صلاحیت علمی» بر ضرورت انقلاب فرهنگی و رفع طاغوت زدگی از دانشگاهها تاکید می نماید:

«لایحه استقلال دانشگاهها علیرغم ظاهرفریبنده و مترقی آن، ارتجاعی ترین حرکتی است که می تواند امروز برای دانشگاهها اتفاق بیفتد. مستقل شدن یعنی به هیچ کس حساب پس ندادن، مستقل شدن یعنی خود دانشگاهیان تصمیم خواهند گرفت که اموزش چه باشد، پژوهش چه بشود وصدالبته که از بیرون کسی حق دخالت درکار انان را ندارد...
نوع سوم رشته هایی که داریم علوم انسانی واجتماعی می باشند. مثلا در دانشکده حقوق مقدارزیادی از دروس مربوط به حقوق قرن نوزدهم فرانسه وبلژیک می باشد.درحالی که برطبق قانون جمهوری اسلامی، قانون اینده مارا قوانین اسلامی تشکیل می دهند،حال دانشکده حقوق ما چقدر می تواند فارغ التحصیلانی داشته باشد که تخصصشان حقوق اسلامی می باشد معلوم نیست.
بعلاوه مساله دیگری که در اینجا مطرح می شود  همان بحث غرب و امریکا و ما می باشد.شکی نیست که در یک دانشکده علوم اجتماعی امریکا شاید مسائل نژادی، به موازات صنعتی شدن ورفتارهای گروهی، تاثیر رسانه های گروهی بر روی رفتار اجتماعی وهزار ویک مساله دیگر که خاص ان اجتماع و ان فرهنگ می باشد مطرح خواهد شد وباز استادان ما انها را فراگرفته وعینا در همین جا به دانشجویان خود درس می دهند.شکی نیست که جامعه ایران به عنوان یک جامعه مذهبی با 80درصد بی سواد وتازه رها شده از زیربار 50ساله سلطه بیگانه، مسائلی دارد مختص خود که در کمتر جامعه ای نظیرش یافت می شود....
به هرحال دست بر روی هر قسمت از دانشگاه که می گذاریم وابستگی و "طاغوت زدگی" از سر وروی ان فرو می ریزد.متاسفانه مقامات مسئول ضمن قبول اینکه مشکلاتی در دانشگاهها داریم برخورد جدی بامساله تا به امروز ننموده است ومدیریت موقت دانشگاه که بخاطر حفظ حرمت ازادی در دانشگاه تاپای استعفا هم پیش می رود ظاهرا هنوز متوجه نشده است که رل دانشگاهها بعد از انقلاب خدمت به خلق مستضعف ونیازمند و جامعه و طبقات محروم کشور می باشد وبرگزاری میتینگ ونمازجمعه رل ثانویه دانشگاه می باشد.هربار که مدیریت درمورد مسائل دانشگاهی صحبت نموده فقط گله و ذکرش این بوده که اباید پاسدار حرمت وازادی باشیم وکلامی هنوز درباره ماهیت ورسالت ونقش دانشگاه درجامعه انقلابی امروز نگفته است، بنظر می رسد که مدیریت موقت، دانشگاه تهران را با زمین چمن هایدپارک اشتباه گرفته است....
علیرغم مطرح نمودن مشکلات ونابسامانیهاییکه مدیریت موقت به خوبی بدانها واقف است لاکن مدیریت همواره مساله مستقل بودن دانشکده ها را مطرح نموده واز انجام مسئولیت خود نیزسرباززده است.هرروز که بگذرد حل این مسائل پیچیده تر و مشکل تر می شود.هرروز که می گذرد مشروعیت این نظام ناصحیح بیشتر می شود. استادانی که بعداز انقلاب بیم داشتند که به دانشگاهها مراجعه نمایند، به سبب وابستگی های عدیده شان به رژیم طاغوت پس از مدتی که ابها از اسیاب ریخت، اهسته اهسته به دانشگاهها مراجعه نمودند ومتوجه شدندنه  مثل اینکه خبری نیست.فقط تعداد کمی به سبب ساواکی و وزیر و وکیل بودن اخراج شده اند،انهم تازه هر روز برسر انها بحث وگفتگو است وکم کم سرپرستان دانشگاهها به جرم اخراج انها از طرف بعضی جناحها محکوم هم می شوند،بالاخره باترس ولرز سرکارهایشان برگشتند، اکنون با توپ پر طلبکار هم هستند...
اری اندیشمندان اریامهری که بعد از انقلاب ارزویشان این بود که بدون ابروریزی اخراجشان کنند، حالا دم از خلقی بودن و استقلال دانشگاه از چنگال مرتجعین که علوم دینی را فقط علم می زنند می دانند وانقلابی چند اتشه شده اند وپس از سالها ماتازه متوجه شده ایم که اینان دارای مکتب وایدئولوژی بوده اند واگر در رژه ششم بهمن در صف اول بوده اند فقط بخاطر قدبلندشان می بوده واگر در مقابل شهبانو تاکمر خم می شدند، صرفا از فرصت استفاده می کرده ونرمش می کردند واگرپرچم دستشان می گرفتند ودر میدان شهیاد برای سلطان ابوظبی تکان می دادند برای هواخوری بوده واگر در کسوت گروه اندیشمندان درپرتو انقلاب شاه - ملت خدمت می کرده اند برای ردگم کردن بوده است والا  اینها مادرزادی انقلابی می باشند....»

زیباکلام درادامه درباره اولویت تحصیل یامبارزه با امپریالیزم می نویسد:
«جداکردن درس از مبارزه با امپریالیزم و بحث اینکه اول درس باشد یا مبارزه با امپریالیزم، یابالعکس درست مثل بحث مرغ وتخم مرغ می باشد»

ودر پایان با طرح پرسش واما راه چاره چیست می نویسد:
«و اما راه چاره چیست ؟ بایستی در وهله ی اول دانشگاهها را تعطیل نمود، اما نه بدون برنامه و بی هدف، بلکه بطور سازمان یافته دانشجویان و استادان را داوطلبانه از طریق جهاد سازندگی روانه ی روستاها نمود و عده ی زیادی از استادان را روانه ی کارخانجات نمود تا مشکلات صنعتی و تنگناهای فنی را از نزدیک ببینند و از پشت میز دانشکده در تهران، سعی در حل مسئله ی ذوب آهن اصفهان ننمایند.  همزمان با این مرحله، تنی چند از صاحبنظران در مورد هر رشته ای شروع به بررسی می کنند که اولا آیا این رشته ی تحصیلی به درد جامعه ی بعد از انقلاب می خورد یا نه، و اگر جواب منفی است از مهر امسال برای آن رشته دیگر دانشجو نگیرند و از دانشجویان فعلی این رشته بخواهند یا تغییر رشته دهند، یا دولت تضمین نخواهد نمود که پس از فارغ التحصیل شدن برای آنان کار ایجاد نماید.  اگر رشته ی تحصیلی در این مطالعه ی اولیه تشخیص داده شد فی النفسه لازم است، لاکن محتوی آن بایستی تغییر کند، که دیگر مشکلی نیست و صاحبنظران آنچه را که بایستی تغییر یابد، خود تغییر خواهند داد. پس از پایان این مرحله کارکنان وکارمندان بادرنظرگرفتن نسبتی منطقی با دانشگاه "پس از انقلاب "انتخاب و مابقی بازخرید یا بازنشست خواهند شد...پس از تنظیم برنامه جدید که ممکن است شش ماه تا یکسال طول بکشد می توان دانشگاهها را مجددا بازنمود ونظام جدید را عرضه کرد...»

و در نهایت  می نویسد:
«بیاییم با از بین بردن نظام دانشگاهی دلالی که متعلق به نظام وابسته به امپریالیزم بود، دانشگاهی بوجود بیاوریم که فکرش و نقشش در تداوم خط انقلاب باشد و شعار « دانشگاه سنگر آزادی » را تبدیل به شعار « دانشگاه سنگر انقلاب » بنمائیم»

البته صادق زیباکلام بعدها در مصاحبه با مجله لوح( شماره پنجم - مرداد78) مطالبی را مطرح می کند که حائز اهمیت است. به عنوان مثال غیرصادقانه  خودرا مخالف اخراجها از دانشگاه در ان مقطع معرفی می نماید و می گوید:

«درست است كه ما مى‏خواستيم تغييراتى به وجود بياوريم، ولى معنى‏اش اين نيست كه آدمها را اخراج كنيم.
بنده به‏ شدت با اين قضيه مخالف بودم و يكى از دلايل رميدن من و ادامه ندادن كار با جريان انقلاب فرهنگى، يكى از اولين دلايل ناخشنودى شديد من، همين اخراجها بود.»

در اخر نیز ایشان درفضای دوران اصلاحات ودرهمان مصاحبه  درسال 1378رسما ازگذشته واقدامات خود در بحث انقلاب فرهنگی اظهار ندامت کرد:
«آن جمله ‏اى را كه در دانشگاه تربيت مدرس در 16 آذر سال 1377 گفتم اينجا تكرار مى‏كنم. من به‏ عنوان كسى كه نقش زيادى در بسته‏شدن دانشگاهها داشت مى‏گويم با توجه به مسائل و مشكلاتى كه پيش آمد، به آن اهدافى هم كه مى‏خواستيم نرسيديم و متوجه شديم كه خود آن هم هدفى غيرعلمى بوده و اصلاً چنين چيزى وجود نداشته است. اما تا ما بياييم اين را بفهميم تعدادى از بروبچه‏ هاى مملكت حالا به خاطر طرفدارى از اين تشكيلات، از آن تشكيلات بى‏حجابى و غيره بحق يا ناحق از تحصيل محروم ماندند و زندگيشان فرو پاشيد.
آنجا گفتم كه من رسماً و علناً حلاليّت می‏طلبم. حلال كنيد من را، از خدا هم توبه مى‏كنم به خاطر ضرر و زيانى كه متوجه خيليها شد براى اينكه از دانشگاه اخراج شدند. به علاوه بى‏خود و بى‏جهت دانشگاه را دو سه سال بستيم، منتها نيتمان واقعاً خير بود....»

و:
«...عده ‏اى دنبال اين حرفها هستند، يا آگاهانه، به قول آقاى فاكر، تا ضربه وارد كنند، يا مثل من كه در سالهاى 59 و 60 در جهل كامل بودم، واقعاً جاهلند و فكر مى‏كنند چيزى به اسم علوم سياسى اسلامى وجود دارد..»