هر چند هزینه ساخت یک پیشرانه اتمی نسبت به پیشرانه‌هایی با سوخت‌های فسیلی بسیار بیشتر است، هزینه‌های آن در بلندمدت به مراتب کمتر و به صرفه‌تر خواهد بود. به عنوان مثال، هزینه‌های سوختگیری در هر بندر برای کشتی‌هایی با پیشران اتمی، حذف شده در حالی که کشتی‌های معمول باید یا کل سوخت مورد نیاز را حمل کنند که حجم مفید بار قابل حمل را کاهش می‌دهد؛ در صورتی هم که امکان حمل سوخت مورد نیاز وجود نداشته باشد باید مداوم در مسیر برای سوختگیری از مسیر خارج شده و در بندر‌ها توقف کنند.

همان طور که پیشتر اشاره شد، حجم سوخت مورد نیاز برای یک سفر دریایی متوسط رو به بالا میزان زیادی از حجم مفید بار را اشغال می‌کند، در حالی که پیشرانه‌های اتمی با چند ده کیلوگرم اورانیوم امکان سفر دریایی تا ۴۰ برابر شعاع کره زمین را می‌دهد. این مسأله هم به این دلیل است که چگالی اورانیوم حدوداً ۲۰ برابر چگالی سنگین‌ترین نوع سوخت فسیلی کشتی هاست؛ بنابراین هر کیلوگرم از آن یک بیست مقدار مشابه از سوخت فسیلی فضا اشغال می‌کند.

یکی از موارد و کاربرد‌های مهم پیشرانه هسته‌ای استفاده از آن در موضوعات نظامی است تا جایی که زیردریایی هسته‌ای، ناو‌های هواپیمابر و زیر دریایی‌های مسلح و حامل موشک‌های تهاجمی بالستیک و کروز از آن بهره می‌گیرند. این مسأله از مهمترین ابزار‌های بازدارندگی هسته‌ای به شمار می‌روند. پنهان بودن تقریباً کامل این زیردریایی‌ها از دید دشمن باعث می‌شود تا از هرگونه حمله پیشدستانه در امان باشند و اصل «نابودی متقابل» در صورت آغاز جنگ هسته‌ای را تضمین کنند.

مهمترین مزیت این زیردریایی‌ها نسبت به زیردریایی‌های متعارف دیزلی و الکتریکی این است که، چون انرژی هسته‌ای نیازی به هوا ندارد، دیگر لازم نیست زیردریایی برای هواگیری روی آب بیاید. همچنین نیروگاه هسته‌ای این زیردریایی‌ها برای سال‌ها و گاهی تا پایان عمر خود نیازی به سوخت‌گیری مجدد ندارند. این باعث می‌شود تا این زیردریایی‌ها قادر باشند برای زمان بسیار طولانی در داخل آب مانده و این گونه خود را از دید دشمن پنهان نگاه دارند.