باقری به‌دنبال رفاقتش با سیدمهدی رحمتی، بی‌تفاوت به پیشنهادات چند تیم مطرح لیگ‌برتری، همچون پرسپولیس، راهی استقلال شد تا همراه با رحمتی، بختیار و منصوریان استقلال جدید را بنا کنند. فرشید باقری که در صبای قم به او لقب سیم‌خاردار داده بودند با قراردادی 950 میلیون تومانی آبی‌پوش شد و از همان بازی اول هم در ترکیب اصلی استقلال قرار گرفت تا ثابت شود منصوریان به این بازیکن اعتقاد ویژه‌ای دارد و در سیستم چهارسه‌دویک مورد علاقه سرمربی جوان استقلال، باقری یکی از یازده مرد اصلی باشند.


در تیم‌های بزرگ معمولا وقتی تیم بد باشد، بازیکنان هم نمی‌توانند درخشش خاصی داشته باشند، شاید باقری هم دچار چنین شرایطی شد که رفته رفته با نتایج ضعیف استقلال، او هم عملکردش افت می‌کرد. شماره 14 آبی‌ها بعد از چند هفته فیکس بازی کردن، ابتدا قربانی تغییر تاکتیک منصوریان و سپس قربانی عملکرد ضعیف خودش شد. سرمربی آبی‌ها که هنوز هم به ترکیب ثابتی دست پیدا نکرده است، برای چند بازی با یک هافبک دفاعی به‌میدان رفت و هرازگاهی باقری آن هافبک دفاعی بود و در چند بازی هم امید ابراهیمی این نقش را به‌عهده گرفت. اما در روزهایی که استقلال می‌رفت اوج بگیرد، ضعف فنی باقری مانع از این اتفاق شد و چند اشتباه مهلک از او، باعث نیمکت‌نشینی‌اش شد.


باقری در دیدار انتهایی نیم‌فصل اول مثل بختیار رحمانی از لیست هجده نفره تیم خط خورد و بعد از آن بازی بود که شایعه حضور او در لیست خروجی استقلال در رسانه‌ها منتشر شد. باقری از همان روزهای قید حضور در استقلال را زد و با چند تیم خواهانش وارد مذاکره شد. او که فکر نمی‌کرد شرایط برای او به‌گونه‌ای رقم بخورد که دوباره مجبور شود در استقلال بماند، با پرسپولیس و برانکو مذاکراتی جدی انجام داد تا جانشین نوراللهی شود. برانکو ایوانکوویچ که از ابتدای فصل قصد به‌خدمت گرفتن این بازیکن جوان را داشت اما در این امر ناکام مانده بود، با از دست دادن نوراللهی، بهترین فرصت برای جذب باقری را پیش روی خود دید و با مدیربرنامه‌های این بازیکن برای قرمزپوش شدن توافقات نهایی را هم انجام داد. در این بین حتی شنیده می‌شود باقری با پرسپولیس قرارداد داخلی هم امضا کرده است.


منصوریان بعد از کش‌وقوس‌های فراوان در نهایت لیست خروجی خاصی را منتشر نکرد و فقط راضی به جدایی میثم مجیدی و امین حاج‌محمدی شد. نه رحمتی، نه بختیار و نه باقری هیچ کدام در لیست خروجی منصوریان جایی نداشتند، اما بختیار برای جدایی پافشاری کرد و موفق شد از استقلال جدا شود و حالا هم باقری می‌خواهد در همان مسیر قدم بردارد. باقری که از بازی نکردن در این تیم شاکی است، در روزهای گذشته چند جلسه با منصوریان برگزار کرد که آخرین آنها دیروز بود. هافبک‌ ناراضی استقلال حتی بدون آندو هم جایی در ترکیب استقلال ندارد و همین مساله باعث شده تا او بیش‌ازپیش به جدایی فکر کند. در جلسه دیروز دوباره باقری به جدایی اصرار کرد، اما منصوریان به او گفت به‌غیر از پرسپولیس و تراکتورسازی حاضر است رضایت‌نامه این بازیکن را برای هر تیم دیگری صادر کند، اتفاقی که گره‌ای از کار باقری باز نمی‌کند. شماره 14 استقلال تصمیمش را گرفته و می‌خواهد پرسپولیسی شود،‌ برای همین حاضر نیست پیشنهاد منصوریان برای سپاهانی شدن را هم قبول کند.