به گزارش رجانیوز، رضا خاتمی در مصاحبه با سایت جماران کوشیده با تحریف دیدگاه‌ها‌ و سیره امام راحل عملکرد جریان سیاسی متبوع خود را موجه و تداوم راه امام جلوه دهد. وی در بخشی از این مصاحبه با تحریف رویکرد امام خمینی در برخورد با نهضت آزادی دراین‌باره چنین می‌گوید: «همان زمانی که امام در نقد نهضت آزادی سخنانی می‌گوید، خودش را متعهد می‌داند که انتخابات آزاد برگزار کند. هنگامی که دولت موقت سرنگون شد، تمام افراد نهضت آزادی در انتخابات مجلس شرکت می‌کنند و به مجلس می‌آیند. این نکته جالبی است با این که امام با تفکر سیاسی نهضت آزادی یا مهندس بازرگان هم‌خوانی نداشت.»
این سخنان خاتمی در حالی است که امام راحل طی نامه‌ای به وزیر کشور وقت در زمستان 1366 درباره نهضت آزادی چنین می‌نویسند: «نهضت به اصطلاح آزادی صلاحیت برای هیچ امری از امور دولتی یا قانونگذاری یا قضایی را ندارند و ضرر آنها، به اعتبار آنکه متظاهر به اسلام هستند و با این حربه جوانان عزیز ما را منحرف خواهند کرد و نیز با دخالت بی‌مورد در تفسیر قرآن کریم و احادیث شریفه و تأویل‌های جاهلانه موجب فساد عظیم ممکن است بشوند، از ضرر گروهک‌های دیگر، حتی منافقین (این فرزندان عزیز مهندس بازرگان) بیشتر و بالاتر است.»
خاتمی در بخش دیگری از گفت‌وگوی خود با ارگان رسانه‌ای موسسه‌ تنظیم و نشر آثار امام با نادیده گرفتن و سانسور مواضع امام راحل در برخورد با فتنه‌های ابتدای انقلاب و همچنین بدون اشاره به اقدامات فتنه‌گران در سال 88 چنین می‌گوید: «اولین فردی که از فتنه حرف زد، مسعود رجوی بود که درباره فتنه بزرگ خاتمی، بعد از سال 76 صحبت کرد. چرا؟ به دلیل آن که خاتمی گفته بود به این نظام علاقه‌مندم و می‌خواهم این نظام حفظ شود و می‌آیم و در درون نظام اعتراضم را به مجموعه‌ای از روند‌ها اعلام می‌کنم. بنابراین یکی از دشمنان اصلی اصلاح‌طلبان، دسته‌ای از افراد خارج از کشور هستند که با اصل نظام جمهوری اسلامی مبارزه می‌کنند؛ چرا؟ به دلیل اینکه معتقدند اگر اصلاح‌طلبان موفق شوند، عمر نظام جمهوری اسلامی طولانی‌تر می‌شود و جایی برایشان نمی‌ماند.» این سخنان در حالی است که سه سال ابتدایی انقلاب عرصه بروز فتنه‌های متعدد در کشور و موضع‌گیری  و برخورد قاطع امام با آنهاست. به عنوان مثال امام در تاریخ 1358/6/2 می‌گویند: «ما تاکنون برای اینکه به مردم عالم بفهمانیم و بهفمند مردم که ما با چه اشخاصی مقابله داریم، ما آزادی دادیم به آنها، آزادی‌مطلق که در ظرف این چند ماه قریب دویست حزب و گروه و مطبوعات زیاد و مجلات و روزنامه‌ها منتشر شد! و هیچ‌کس جلوگیری نکرد. در عین حالی که به همه مقدسات ما توهین کردید، در عین حالی که با حکومت آن‌طور رفتار کردید و با اسلام آن‌طور رفتار کردید در مطبوعاتتان، مع‌ذلک به شما تعرض نشد. تا آن که فتنه را دیدیم و فهمیدیم شما فتنه‌گر هستید، شما منافقینی هستید که می‌خواهید فتنه بکنید، منافقینی هستید که توطئه کردید بر ضد اسلام، توطئه کردید بر ضد کشور، توطئه کردید بر ضد ملت؛»
با این اوصاف سکوت موسسه تنظیم و نشر آثار امام  درباره مصاحبه تحریف‌آمیز سایت جماران با یکی از عناصر فتنه‌گر قابل تأمل است. رضا خاتمی جزو نمایندگان رد صلاحیت شده مجلس ششم در انتخابات مجلس هفتم بود که با حمایت رسمی اتحادیه اروپا روبرو شد.