به گزارش پارس، قاضی‌زاده نماینده مشهد در این باره گفت معرفی نیلی توهین به مجلس است. وی به همان دلایلی که برای ریاست دانشگاه تهران مورد تأیید قرار نگرفت، صلاحیت برعهده گرفتن وزارت علوم را نیز ندارد.
وی در گفتگو با خبرگزاری دانشجو گفت: به نظر می‌رسد دولت محترم قصد تمسخر مجلس را دارد. کسی که برای ریاست یک دانشگاه مورد تأیید قرار نگرفته چطور برای تصدی پست وزارت معرفی می‌شود؟ این چیزی جز توهین به مجلس نیست.
پیش از این شورای عالی انقلاب فرهنگی صلاحیت نیلی برای تصدی ریاست دانشگاه تهران را نپذیرفته بود.
همچنین الیاس نادران با بیان اینکه نیلی حداقل‌های صلاحیت اداره یک وزارتخانه را ندارد، گفت: نیلی احمدآبادی گزینه اصلی دولت برای تصدی وزارت علوم نیست و نمایندگان مجلس منتظر هستند تا دولت گزینه اصلی خود را رو کند.
نماینده مردم تهران با اشاره به واکنش‌های منفی نمایندگان گفت: دولت نیز نظر مساعدی نسبت به گزینه پیشنهادی خود ندارد و اعتقاد ما این است که وی گزینه اصلی دولت نیست. آتش تهیه‌ای که از قبل، دولت علیه مجلس درست کرده بود این را نشان می‌دهد.
وی در بیان دلایل مخالفت خود در خصوص وزیر پیشنهادی دولت گفت: کسی که قرار است عهده‌دار اداره یک وزارتخانه بشود باید حداقل‌های صلاحیت اداره آن وزارتخانه را داشته باشد و تجربه مدیریتی‌اش این را نشان بدهد. آن هم در مواجهه با جریانات تندروی که طی یکسال و نیم گذشته هر کاری که خواسته‌اند در مملکت انجام داده‌اند.
نادران عدم صلاحیت سیاسی گزینه پیشنهادی دولت را در سطوح بعدی قلمداد کرد و تصریح کرد: موضوع اصلی، صلاحیت‌های اجرایی و مدیریتی است که وی فاقد آنهاست. در کشور قحط‌الرجال وجود ندارد.
وی در پاسخ به این سؤال که آیا عدم رأی به نیلی احمدآبادی باعث اختلاف بین دولت و مجلس نمی‌شود گفت: چگونه رئیس جمهور یک هفته قبل و در جمع نخبگان علیه مجلس حرف می‌زند و باعث اختلاف نمی‌شود.
اسماعیل کوثری دیگر نماینده مردم تهران نیز از عکس‌العمل منفی نمایندگان نسبت به گزینه پیشنهادی برای وزارت علوم در زمان اعلام وصول نامه رئیس جمهور در جلسه علنی مجلس خبر داد و گفت: هنگام اعلام وصول سوابق گزینه پیشنهادی دولت در صحن علنی مجلس، عکس‌العمل منفی نمایندگان بیشتر از واکنش‌های مثبت بود.
همچنین شجاعی کیاسری نماینده مردم ساری و از اعضای فراکسیون رهروان می‌گوید فضای مجلس نسبت به نیلی منفی است. وی در مصاحبه با آریا اظهار داشت: بنده شانس آقای نیلی را در اخذ رأی اعتماد مجلس بسیار پایین می‌بینم چرا که هم در صحن علنی مجلس وقتی نامه معرفی وزیر علوم اعلام وصول شد اکثریت نمایندگان با دو دو گفتن مخالفت خود را با ایشان اعلام کردند.
وی ضمن اظهار بی‌اطلاعی از نظر فراکسیون رهروان ولایت درباره این وزیر پیشنهادی اظهار داشت: آقای نیلی احمد‌آبادی وقتی از سوی آقای فرجی دانا به عنوان سرپرست دانشگاه تهران معرفی شد شورای عالی انقلاب فرهنگی به وزیر پیشنهاد داده بودند که ایشان معرفی نشود بنابراین در حال حاضر هم با توجه به فضایی که در مجلس وجود دارد بعید می‌دانم آقای نیلی رأی اعتماد مجلس را اخذ کند.
نماینده مردم ساری در عین حال گفت: گزارش دولت درباره بورسیه‌ها نیز به نوبه خود در عدم رأی اعتماد مجلس به وزیر پیشنهادی علوم تأثیرگذار است چرا که تخلف در بورسیه‌ها از 3000 نفر به 39 نفر تنزل پیدا کرده است بنابراین، این مسائل در رأی مجلس به وزیر پیشنهادی علوم تأثیرگذار است البته باید تا چهارشنبه صبر کنیم و در جریان برنامه‌های آقای نیلی قرار بگیریم سپس درباره ایشان نظر بدهیم.
همچنین اسماعیل جلیلی نماینده مردم مسجدسلیمان معتقد است نیلی کار سختی برای کسب اعتماد مجلس دارد و اگر از لابی استفاده نکند شانسی ندارد. توان و عملکرد اجرایی و عملکرد سیاسی آقای نیلی به طور جدی مورد سؤال است در واقع ایشان باید به طور شفاف و صریح مواضع سیاسی خودشان را روشن کنند چرا که این دو شاخص در رأی‌آوری ایشان برای جایگاه عالی وزارت علوم اهمیت دارد.
نادر قاضی‌پور، نماینده مردم ارومیه و عضو فراکسیون رهروان ولایت نیز در مصاحبه با فرارو می‌گوید: من معتقدم کسی که شورای عالی انقلاب فرهنگی که ریاست او با رئیس جمهور هم هست به او اعتماد نکرده است که ریاست یک دانشگاه را برعهده بگیرد چگونه می‌تواند اعتماد مجلس برای اداره وزارت علوم را جلب کند.
همزمان برخی گمانه‌زنی‌ها از تکرار شیوه حلقه انحرافی در معرفی مهره‌های سوخته (با علم به رد صلاحیت) و سپس معرفی مهره‌های جدید و در مقابل عمل انجام شده قرار دادن مجلس حکایت می‌کند. «آریا» همچنین موضوع را با عابد فتاحی از نمایندگان حامی دولت مطرح کرد که او این موضوع را تکذیب کرد. وی در عین حال تصریح کرد تعدادی از نمایندگان با نیلی مخالفند.
در همین حال جهان نیوز گزارش داد: نیلی احمدآبادی در روزها و ماه‌های فتنه 88 نقش پر رنگی در تحریک به تعطیلی کلاس‌ها، برای ابراز مخالفت با نظام و همراهی با فتنه‌گران داشت. از جمله می‌توان به تلاش‌های جدی در زمان فتنه برای تصویب تعطیلی دانشکده فنی در هیئت رئیسه و صدور بیانیه هیئت رئیسه علیه نظام و بیانیه جمعی از اساتید اشاره کرد.
حضور فعال و نقش‌آفرینی وی و معاونان‌اش نظیر خانم ص. در آشوب‌های پسا انتخاباتی دانشگاه تهران نظیر تجمع اساتید در مسجد دانشگاه که با حمایت سرکرده منافقین همراه شد، نمونه دیگری از اقدامات نیلی است. او همچنین در همراهی با فتنه‌گران انتخابات دانشجویان را به تعویق انداخت.