محسن پورسید آقایی در پیامی در شبکه های اجتماعی درباره دلایل استعفای خود نوشت: لازم است از همه عزیزانی که در این مدت از سر لطف و بزرگواری بنده را مورد مرحمت قرار دادند تشکر نمایم. واقعیت این است که ما نه تنها مسئول اعمال خود هستیم بلکه مسئول اعمال تمام نیروهای شاغل تحت مدیریت خود نیز هستیم. ما این را از اسلام آموخته‌ایم نه از غرب

وی در ادامه نوشت: مگر نه این است که اگر کار خیری انجام دهیم و این کار ادامه یابد آثار بعدی آن را نیز به پای ما می‌نویسند، پس چطور است که اگر خطایی در زیر مجموعه ما صورت پذیرد خود را مصون از آثار آن می‌دانیم؟ مگر علی(ع) نبود وقتی که شنید خلخال از پای زن یهودی در نقطه‌ای از سرزمین اسلام کشیده‌اند، فرمود اگر مسلمانی از غم این اتفاق بمیرد جای تعجب ندارد.

پورسیدآقایی همچنین نوشت: این غیرت اسلامی است که انسان‌ها همه خود را مسئول بدانند، چه رسد به مدیر مستقیم یک مجموعه. بنده این استعفا را نه از سر فشار دادم و نه به‌خاطر جلب نظر دیگران. این استعفا به‌دلیل این بود که علی‌رغم کارهای بزرگ و خوبی که در این مدت توسط کارکنان فهیم و زحمتکش راه آهن انجام شد، نتوانستم مشکل نیروی انسانی را آن‌طور که لازم است حل کنم تا چنین خطایی بروز نکند. امیدوارم خداوند آخر و عاقبت ما را ختم بخیر گرداند و اگر ناخواسته قصوری کرده‌ایم بر ما ببخشد."