به گزارش پارس به نقل از فارس، نیلی ۳ سال در دوران ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی معاون سازمان برنامه و بودجهٔ ایران بود.

وی مدتی نیز در رأس شورای اقتصاد کشور مشغول به کار بود و در دوران ریاست جمهوری محمد خاتمی مجدد به عنوان معاون سازمان برنامه و بودجه و سرپرست کمیتهٔ خصوصی سازی برگزیده شد.

تدوین سند استراتژی توسعه صنعتی کشور در زمان وزارت اسحاق جهانگیری در دوران اصلاحات از دیگر سوابق مسعود نیلی است.