با نزدیک‌شدن به سال تحصیلی جدید مشکلات دانشجویان دوباره شروع شده و اعتراضات زیادی را به همراه داشته است؛ مشکلاتی صنفی و دانشجویی که بعضا تا پایان دوره تحصیل همراه دانشجویان بوده و جز وعده‌هایی برای بررسی و رفع آن اتفاق دیگری نیفتاده است.

شهریه دانشجویان علامه
اکنون در دانشگاه علامه طباطبایی اعتراض دانشجویان شکل دیگری دارد؛ حرف دانشجویان  دانشگاه این است که چرا باید  دانشجویان شبانه بایدچند برابردانشجویان روزانه  شهریه پرداخت کنند .در حالی که این کار غیرقانونی است. از طرفی این دانشجویان می‌گویند، شهریه متغیر امسال دانشگاه در مقایسه با سال گذشته نیز تقریباً ۲ برابر شده است.
علیرضا یکی از دانشجویان شبانه این دانشگاه به خبرنگار حوزه دانشگاهی گروه علمی باشگاه خبرنگاران جوان گفت: ترم گذشته برای ثبت‌نام خیلی اذیت شدم؛ ۲۵۰ هزار تومان شهریه ثابت بود، واحد عملی نداشتم و واحدها فقط شامل دروس نظری و عمومی بود؛ هرچه پول می‌ریختم، سیستم قبول نمی‌کرد و امکان برداشتن واحد نبود. در نهایت حدود ۴۵۰ - ۵۰۰ هزار تومان واریز کردم تا توانستم ثبت‌نام کنم و بعداً هم متوجه شدم این اتفاق درمورد دانشجویان روزانه هم رخ داده است. در پاسخ به پیگیری ما از این موضوع، مسئولین عنوان کردند که مشکل از سیستم بوده است. با این وجود اما اگر مشکل سیستم را هم در نظر بگیریم، این مشکل برطرف نشد و پولی که اضافه واریز کرده بودیم، همچنان به ما بازگردانده نشده است. از سوی دیگر سنوات تحصیلی من هنوز تمام نشده، ولی اگر واحدی را مردود شوم یا حذف کنم، باید بابت آن واحد پول بپردازم.
 
پرداخت هزینه بابت درس‌های مردودی و حذفی
حمید یکی دیگر از دانشجویان روزانه دانشگاه علامه است، او می‌گوید: پرداخت هزینه بابت واحد‌های درسی تنها به دانشجوهای شبانه خلاصه نمی‌شود. دانشجویان روزانه نیز باید بابت درس‌های مردودی و همینطور حذف اضطراری دروس، مبالغی را پرداخت کنند. هزینه این واحد‌ها بنابر تعداد واحدهای عملی و نظری و همینطور نوع درس متفاوت بوده و هزینه بعضی از درس‌ها بسیار گزاف است. به عنوان مثال برای حذف اضطراری درس سه واحدی تخصصی حدود ۱۰۰ هزار تومان باید به سامانه واریز شود، در غیر این صورت سامانه برای دانشجویان بازنمی‌شود.
یکی دیگر از دانشجویان گفت: دانشگاه علامه طباطبایی طی دو سال اخیر با افزایش سرسام آور هزینه های تحصیل ، مشکلات زیادی را برای دانشجویان فراهم کرده است تا جایی که ما شاهد این هستیم خیلی از دانشجویان توانایی پرداخت هزینه ها را ندارند و نتیجه ی آن کم شدن دانشجو و خالی شدن کلاس ها به خصوص در مقطع ارشد است چراکه شهریه مقطع ارشد چیزی معادل و یا بالاتر از دانشگاه ازاد است.پرداخت شهریه در دانشگاه های مختلف به صورت اقساطی است ولی در دانشگاه علامه طباطبایی به صورت عام بدین گونه نیست.هزینه خوابگاه های دانشگاه علامه برای دانشجویان شبانه حدود دو سه برابر بیشتر از دانشجویان روزانه است.
این دردودل دانشجویان علامه است. برهمین اساس تا مبلغ مورد نظر واریز نشود دانشجو عملاً اجازه حضور در امتحان پایانِ ترم را نخواهد داشت! این درصورتی است که طبق آیین‌نامه و قانون دانشجویان روزانه نباید مبلغی را بابت انتخاب واحد به دانشگاه پرداخت کنند. این موضوع بارها مورد اعتراض دانشجویان قرار گرفته که مسئولان دانشگاه آن را تکذیب کرده‌اند.
 
شهریه‌های میلیونی  دانشگاه علامه طباطبایی برای دانشجویان شبانه
در آیین‌نامه‌های آموزشی، توضیح خاصی مربوط به دانشجویان شبانه داده نشده اما یک ماده الحاقی وجود دارد که درباره دانشجویان شبانه است که می‌گوید هنگام نام‌نویسی در هر نیمسال تحصیلی، پرداخت شهریه به دو صورت ثابت و متغیر، بنابر تعرفه‌های هیئت امنای دانشگاه الزامی است اما موردی که درحال‌حاضر اعتراض بسیاری از دانشجویان را به‌دنبال داشته، افزایش تصاعدی شهریه‌ها بوده است.
 
قانون دانشگاه چه می گوید؟
براساس ماده «۱۲» آیین‌نامه آموزشی کاردانی و کارشناسی، دانشجوی مشمول آموزش رایگان در دانشگاه‌های دولتی در صورت حذف یا نگرفتن نمره قبولی در هر درس، برای انتخاب مجدد آن درس در صورتی که سنوات مجاز تحصیلی دانشجو تمام شده باشد، موظف به پرداخت هزینه مربوطه آنهم طبق مصوبه هیئت امنای دانشگاه است. به گفته دانشجویان اما هزینه‌های بابت حذف درس و مردودی درس در حالی از آنها اخذ می‌شود که سنوات تحصیلی آنها هنوز تمام نشده است!
از سوی دیگر این آیین‌نامه، ماده‌ای را درون خود گنجانده است که براساس آن دانشجویان قبل از ورودی ۹۳ نیز می‌توانند از این مصوبه بهره‌مند شوند؛ ماده ۳۳ این آیین‌نامه می‌گوید: برای دانشجویان ورودی سال تحصیلی ۹۴ -۱۳۹۳ و پس از آن و نیز تمام دانشجویانی که در زمان ابلاغ این آیین‌نامه، شاغل به تحصیل هستند به شرطی که خللی در تحصیل ایشان ایجاد نکند، لازم‌الاجرا است و تمام آیین‌نامه‌ها و بخشنامه‌های مغایر با آن لغو و بلا اثر اعلام می‌شود.
به بیانی دیگر، برای دانشجویان ورودی قبل از سال ۹۳، در مواردی که این آیین‌نامه با آیین‌نامه‌های قبلی مغایرت دارد، اگر عمل به آیین‌نامه جدید( مصوب سال ۹۳) موجب متضرر شدن دانشجویان و اخلال در روند تحصیل آن‌ها شود، باید آیین‌نامه‌های قبلی مدنظر قرار گیرد و در غیر این‌صورت، ملاک عمل، همین آیین‌نامه‌ آموزشی مصوب سال ۹۳خواهد بود.
سرپرست دانشگاه علامه طباطبایی گفت:افزایش شهریه شبانه‌ها  در دست دانشگاه نیست برعهده وزارت علوم است.
حسین سلیمی رییس دانشگاه علامه طباطبایی گفت: افزایش شهریه شبانه‌ها برعهده وزارت علوم است نه دانشگاه شهریه دانشگاه طبق تصمیم رییس دانشگاه یا هیات رییسه تعیین نمی‌شود، بلکه وزارت علوم یک رویه کلی را به دانشگاه‌ها اعلام می‌کند و پس از آن در هیات امنای دانشگاه مصوب و به دانشگاه ابلاغ می‌شود. معمولاً براساس استاندارد وزارت علوم، هر سال بیش از ۱۵ تا ۲۰ درصد افزایش شهریه نخواهیم داشت. بنابرین شهریه ثابت و متغیر دوره نوبت دوم (شبانه) این دانشگاه براساس دستورالعمل وزارت علوم و مصوبات هیات امنای دانشگاه تعیین و دریافت می‌شود.
وی ادامه داد: ممکن است برای برخی دانشجویان اشتباهاتی در سیستم ثبت نام به وجود بیاید؛ مثلاً دانشجوی روزانه‌ای داشتیم که نوشته شده بود شهریه پرداخت نشده است که بعد هم اصلاح شد. دانشگاهی که ۱۷ هزار دانشجو دارد ممکن است برای برخی دانشجویان از اینگونه مشکلات به وجود بیاید.
رییس دانشگاه علامه طباطبایی یادآورشد:دانشگاه علامه تاکنون هیچ ریالی خارج از قواعد قانونی از دانشجویان روزانه طلب وجه نکرده است و دریافت پول از دانشجویان دوره روزانه غیر قانونی است لذا ادعا دانشجویان مبنی بر بر اخذ شهریه از دانشجویان دوره روزانه قابل تامل است.