تیم فوتبال استقلال در سال ۱۳۹۵، روزهای پر افت و خیزی را پشت سر گذاشت. این تیم در فروردین ماه در داربی پایتخت با حساب چهار بر دو مغلوب پرسپولیس شد تا وارد یک بحران بزرگ شود. آنها تا قبل از این بازی هنوز شانس اصلی قهرمانی بودند تا این که در مقابل تراکتورسازی هم شکست خوردند و عملا از دور قهرمانی خارج شدند.

تیم فوتبال استقلال با هدایت پرویز مظلومی در نهایت با تساوی برابر صبای قم در آخرین هفته لیگ برتر به سومی قناعت کرد ولی این پایان کار مظلومی نبود و او تیمش را برای مصاف جام حذفی برابر ذوب آهن آماده می‌کرد تا در آنجا یک جام بیاورد اما ضربات پنالتی‌ روی بدش را به استقلال نشان داد و این تیم در جام حذفی هم نتوانست به قهرمانی برسد و در فینال بازی را به شاگردان گل محمدی واگذار کرد.

بعد از شکست مقابل ذوب آهن تنها یک روز لازم بود تا منصوریان به عنوان سرمربی این تیم معرفی شود. منصوریان قبل از مراسم معارفه‌اش لیست مازاد خود را اعلام کرد که در آن نام طالبلو، برهانی، عمران زاده و چند بازیکن دیگر استقلال قرار داشت؛ نام‌هایی که واکنش‌های تندی به این اعلام اسامی داشتند.

استقلال منصوریان کار خود را آغاز کرد و خریدهای بزرگی مثل بختیار رحمانی، کاوه رضایی، آرش افشین، کنعانی زادگان، فرشید باقری، علی قربانی و ... را انجام داد تا سطح توقع هواداران از این تیم بالا برود اما استقلال در نتیجه‌ گیری ناامید کننده حرکت می‌کرد و در این میان با حکم گودرزی وزیر وقت وزارت ورزش و جوانان، بهرام افشارزاده از سمت خود برکنار شد تا سید رضا افتخاری، مدیرعامل استقلال شود.

روند بد نتایج استقلال باعث شد تا حرف و حدیث‌هایی مبنی بر اخراج منصوریان بعد از داربی مطرح شود اما آن دیدار با تساوی بدون گل به پایان رسید تا منصوریان ابقا شود. در ادامه‌ لیگ استقلال همچنان پرنوسان ظاهر می‌شد و از این تیم افشین، رحمانی، میثم مجیدی و امین حاج محمدی جدا شدند و این تیم در تدارک جذب جپارف، تیموریان و شهباززاده بود که خبر رسید که به دلیل پرداخت دیرهنگام مطلبات عادل شیحی، استقلال از پنجره نقل و انتقالاتی زمستانی محروم شده است. این مسئله انتقادات زیادی را متوجه کادر مدیریتی استقلال کرد و همانطور هم که انتظار می‌رفت نه مسببین این ماجرا معرفی شدند و نه این که اعتراض استقلالی‌ها را فیفا جدی گرفت.

استقلال در نیم فصل دوم لیگ برتر روند متفاوت را به نمایش گذاشت و پیروزی سه بر دو برابر پرسپولیس در داربی تهران کمک بزرگی به منصوریان کرد چراکه او پیش‌تر موفق به حذف السد قطر شده بود و حالا او بود که می‌توانست با هیات مدیره استقلال وارد چالش شود؛ هیات مدیره‌ای که به زعم منصوریان دل‌شان با او نبود و هیچ گاه پشت او قرار نگرفتند. درگیری‌های لفظی منصوریان با زمانی و یک هفته اعتصاب در استقلال به دلیل مشکلات مالی و اظهارات زمانی نشان از مشکلات مدیریتی استقلال داشت.

استقلال با یک برد مقابل لوکوموتیو تاشکند سال را به پایان برد، ولی بدون شک مشکلات مدیریتی و مالی این باشگاه عواقب این تیم را در سال 96 خواهد گرفت.