به گزارش پارس به نقل از عقیق، در دوران شاه طهماسب صفوی، پس از جمع آوری خشت های کاشی، گنبدی با روکش طلا بر فراز گنبد پیشین بنا شد. این همان گنبدی است که امروزه در نمای بیرونی به چشم می آید.

در شورش ازبک ها، خشت های طلای گنبد به چپاول رفت. در زمان شاه عباس صفوی، گنبد مطهر، بار دیگر با خشت هایی از مس و روکش طلایی پوشیده شد. گنبدی که اینک مشاهده می شود، همان بنایی است که حدود چهارصد سال از ساخت آن می گذرد.